単純な話。
今のリニアのルートはこうなっている。
（注）環境影響配慮書の図からトレースしたもの
で、リニア開通による直接のメリットのない静岡県内に環境破壊を押し付けるということで、対立が続いてるわけだ。
じゃあ、こうすりゃいいじゃん。
山梨県駅からわざわざ南に曲がらず、そのまままっすぐ南アルプスを突っ切ればいいんじゃないの？
静岡・山梨・長野３県の県境（＝富士川・大井川・天竜川の分水嶺）となっている間ノ岳か北岳のあたりを通過すれば、大井川への影響は最小限にとどめられるんじゃないだろうか？
これなら「直線ルート」であり、実際のルートと距離は変わらない。
山梨県駅から西に向かうところの不自然な急カーブも不要である。
市街地に近く、アクセスに要する時間は短い。
南アルプススーパー林道や夜叉人峠トンネルを使える。
発生土は山梨・長野両県で折半すればいい。
早川の水が抜けても釜無川に放流すれば富士川下流への影響はない。場合によっては導水路を造ればいい。
配慮書に示された図では「巨摩山地周辺の脆弱な地質エリア」を南に回避することで急カーブになっているらしいけど、JR東海はリニア本体工事とは別に、紫点線エリアを貫く道路トンネル建設に乗り出したしたので、本当かどうか怪しいところである（早川芦安連絡道路：下の図だと「脆弱な」の文字のあたり。
迷惑施設について、押し付けられる側が真っ先に抱く疑問は「なんでうちの所にくるんだ？」というところかと思います。それと同じことで、上に書いた通り、地図を見た限りでは静岡県を通る必然性が分からないのです。
JR東海の会見や説明では、「静岡にメリットがある」ということは繰り返されますが、「なぜリニアが静岡県内を通過しなければならないのか」という点は一度も説明されてません。
それどころが「国策だから」というよく分からない言葉も出されましたけど、民間事業だろうが公共事業だろうが、その場所を選んだ理由を説明するのは事業者側の務めでしょう。
これが十分に説明されぬ限り、県民の納得は得られないと思います。
なお、山梨県駅からわざわざ南に曲がる理由について、ブログ作者なりに考えてみると、おそらく①土被りの問題、②自然公園法の存在かと思います。
①について、
白根三山を貫けば、大井川への影響は少なくなりそうです。しかしその場合、トンネルの勾配を40パーミリとしても白根三山付近での土被り（トンネルの深さ）は2000ｍ前後になります。これに対し南に曲がっている実際のルートでは、最も大きい部分は1400ｍとなります。
②について
まっすぐ貫くと、早川源流部で大規模な工事が必要となります。しかしここは南アルプス国立公園の中であり、いろいろと規制がかかります。それに対し南アルプスの静岡県側は、土地を所有する企業との調整がつかなかったため、今のところ国立公園に指定されていません（環境省は拡張方針）。そのため、発生土処分を含む地上での大規模な工事がやりやすくなります。
いずれにせよ、これは単なる憶測です。ブログをご覧になった方それぞれに思いつかれることかと思いますが、本当の理由はJR東海にしか分からない。